Didirikan oleh Yayasan Sekolah Tinggi Psikologi Primagama pada tanggal 4 April 2002  dengan nama Sekolah Tinggi Psikologi Primagama dengan mengantongi Surat Keputusan dari Dirjen Pendidikan Tinggi Depdiknas No. 60/D/O/2002. Kemudian pada tahun 2004 dengan melihat kondisi terkini pimpinan yayasan merubah nama Sekolah Tinggi Psikologi Primagama menjadi Sekolah Tinggi Psikologi Yogyakarta dengan Surat Keputusan Dirjen DIKTI Nomor 04/D/O/2004 tertanggal 26 Januari 2005.

Ditahun yang sama Sekolah Tinggi Psikologi Yogyakarta memperoleh Surat Keputusan Perpanjangan Ijin Operasional dari Dirjen Pendidikan Tinggi Depdiknas dengan Surat Keputusan No. 4549/D/T/2004 di tahun 2004, dan memperoleh ijin perpanjangan operasional dari Kopertis Wilayah V DIY dengan Surat Keputusan No.14221/D/T/K-V/2013 dan secara resmi menggunakan akronim STiPsi Jogja.

Saat ini Kampus Sekolah Tinggi Psikologi Yogyakarta berlokasi di Graha Pogung Lor Kav. 2-4 Jl. Ring Road Utara, Pogung Sleman, DIY.